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在節能溫室中栽培番茄已經發生的病害有數10種，例如發生最為普遍、危害最嚴重的灰霉病、疫病、枯萎病、蔓枯病、苗期猝倒病、立枯病等真菌性病害;青枯病等多種細菌性病害病和部分病毒性病害，其病菌都是在土壤中或借助病殘體在土壤中越冬。這些病害的初次侵染，幾乎都是來自溫室中的土壤。所以說，是否能夠預防和控制住土傳病害，是節能溫室番茄栽培成倍的關鍵。以番茄青枯病為例：番茄青枯病，病菌在土壤中越冬，借雨水跟灌溉水傳播。發病最適宜的溫度為25--37℃。

    防治土傳病害，必須認真實行“預防為主，綜合防治”的植保方針，切實做好以下工作。

①利用溫室封閉性好的特點，在暑季室內作物換茬時，進行高溫悶室，鏟除室內土壤中殘留病菌，凈化土壤，力爭室內無菌，杜絕以上各類病害的初次侵染。

②注意肥料衛生，嚴防帶菌肥料進入溫室；施用的有機肥料，必須經過暑季覆蓋塑料薄膜高溫處理、充分腐熟，方可使用。

③培育壯苗，育苗時，要選用無菌基質配制營養土。

建苗床時，要在營養土下面鋪設砂礫或小石子，底部鋪薄膜，實行膜上土下滲灌，并調控好苗床光照、溫度，搞好病蟲害防治，促成壯苗。

④移苗栽培時，用青枯立克150倍蘸根殺菌，預防病害；緩苗后沖施混合生物菌劑地力旺+青枯立克，改善土壤有機質，增加有益菌群，促進根系發達，抑制病原菌生長發育，提高植株抗性，以后結合根外追肥和防病用藥。

⑤后期發現有青枯病、潰瘍病、枯黃萎等癥狀的，可用青枯立克60-150倍噴霧或灌根，中草藥制劑安全性高，沒有抗藥性，連續用藥累計效果好。